แม้ประเทศไทยจะเดินหน้าสู่สังคมอุตสาหกรรมและสังคมบริการ คนไทยที่เป็นเกษตรกรในปัจจุบันก็มีจำนวนประมาณ 25 ล้านคน หรือคิดเป็นร้อยละ 38 ของประชากรทั้งหมด แต่ปัญหาที่เกิดขึ้นก็คือเกษตรกรแทบทุกครอบครัวเป็นหนี้ในอัตราที่สูงมาก ต่อให้เกษตรกรจะผลิตรายได้ให้ประเทศร้อยละ 8 ของ GDP ก็ตาม
ด้วยความตระหนักในความสำคัญของเกษตรกรในสังคมไทย ดร.ทักษิณ จึงจัดตั้งรัฐบาลที่มีพรรคไทยรักไทยเป็นแกนนำโดยมีนโยบายช่วยเหลือและแก้ไขปัญหาเกษตรกรตั้งแต่ต้น และถึงแม้รัฐบาลก่อน ดร.ทักษิณ จะพูดถึงปัญหานี้อยู่บ้าง ส่วนใหญ่ก็พูดบนความเข้าใจว่าเกษตรกรเป็นหนี้เพราะเรื่องส่วนตัว ดร.ทักษิณมองเห็นว่าเกษตรกรส่วนใหญ่เป็นหนี้เพราะกู้ยืมเงินมาทำการผลิตแต่ละฤดู ครัวเรือนเกษตรที่มีหนี้ในปี 2541 และ 2546 สูงถึงร้อยละ 54.9 และ 60.4 ซึ่งแสดงให้เห็นว่าเกษตรกรมีหนี้เพิ่มขึ้นต่อเนื่อง ไม่ว่าจะเป็นหนี้ในระบบกับธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร หรือหนี้นอกระบบก็ตาม
ด้วยความตระหนักว่าประเทศไทยในปี 2544 เพิ่งผ่านวิกฤตเศรษฐกิจที่สถาบันการเงินปิดกิจการกว่า 50 แห่ง และค่าเงินบาทอ่อนตัวถึงขั้นประเทศใกล้ล้มละลาย ดร.ทักษิณ มองเห็นว่าเกษตรกรจะเผชิญปัญหาความไม่สามารถชำระหนี้รุนแรงกว่าคนกลุ่มอื่นขึ้นไปอีก รัฐบาลจึงกำหนดนโยบายพักหนี้เกษตรกรขึ้นมาทันที เป้าหมายของโครงการพักหนี้คือลดภาระหนี้เกษตรกรรายย่อย3 ปี หัวใจของนโยบายนี้คือการลดภาระดอกเบี้ยของเกษตรกรรายย่อยยามที่การทำมาหากินฝืดเคือง, รายได้ประชาชนระดับฐานรากเท่าเดิมหรือลดลง , ราคาพืชผลตกต่ำผันผวน ฯลฯ เพื่อให้ประชาชนนำเงินก้อนนี้ไปฟื้นฟูตนเองและปรับปรุงการผลิตต่อไป คุณภูมิธรรม เวชยชัย ที่ปรึกษาผู้นำฝ่ายค้าน และหนึ่งในผู้ร่วมก่อตั้งพรรคไทยรักไทยเมื่อปี 2544 เล่าถึงมุมมองในขณะที่เริ่มผลักดันโครงการพักหนี้เกษตรกรเป็นเวลา 3 ปี เอาไว้ว่า
“คนจนมักลำบาก จะทำอะไรก็ยาก กว่าจะหาเงินมาได้ก็ต้องจ่ายหนี้ ถ้าไม่เอาเงินมาจ่ายหนี้ เขาอยู่ได้ คนมันติดขัด ป่วยทีเวลาไปหาหมอต้องนอนลากแล้วถึงจะไป ไปครั้งหนึ่งเงินรายวันเขาก็หายไป ถ้าเราพักชำระหนี้ เกษตรกรก็มีเงินหมุน 3 ปี ให้เขามีเงิน เปรียบเหมือนคุณรดน้ำต้นไม้ ต้องรดที่ราก รากก็ดูดไปทุกส่วน ไม่ใช่รดที่ใบ เอาไปใช้อะไรไม่ได้” ทุกวันนี้พูดกันมากเรื่องรัฐบาลจัดงบประมาณแบบขาดดุลเพื่อกระตุ้นให้เศรษฐกิจโต แต่ในปี 2544 รัฐบาลดร.ทักษิณ จัดงบแบบขาดดุลที่บูรณาการเรื่องฟื้นฟูเศรษฐกิจรากหญ้ากับการเติบโตของประเทศ เพราะโครงการพักหนี้ทำให้ธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์(ธกส.) ส่งรายได้จากดอกเบี้ยเกษตรกรสู่รัฐน้อยลง
ฝ่ายตรงข้ามทางการเมืองโจมตีว่าโครงการพักชำระหนี้จะทำให้ธกส.ล้มละลาย แต่ที่จริงดร.ทักษิณ กำหนดให้รัฐจ่ายดอกเบี้ยให้ธกส.เป็นเวลาสามปีแทนเกษตรกรที่เข้าร่วมโครงการนี้ทั้งหมด หรือเท่ากับรัฐบาลต้องจ่ายดอกเบี้ยแทนเกษตรกรทั้งสิ้น 18,000 ล้านบาท ซึ่งถือว่าต่ำมากเมื่อเทียบการอุดหนุนคนกลุ่มอื่นในสังคม โครงการพักชำระหนี้เป็นนโยบายรัฐที่มีลักษณะนวัตกรรมเพื่อการพัฒนาสังคม หลังจาก ดร.ทักษิณ เข้าดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีเพียงสองเดือน ความมุ่งมั่นที่จะฟื้นฟูเศรษฐกิจรากหญ้าควบคู่ไปการฟื้นฟูเศรษฐกิจของประเทศก็ทำให้รัฐบาลประกาศนโยบายนี้ในการประชุมคณะรัฐมนตรีวันที่ 26 มีนาคม 2544 ภายใต้หลักการของโครงการพักหนี้เกษตรกร ชาวนาชาวไร่ที่กู้ยืมเงินจากธนาคารของรัฐอย่าง ธกส.ไม่เกิน 1 แสนบาท ไม่ต้องจ่ายทั้งเงินต้นและดอกเบี้ย เป็นเวลา 3 ปี ตั้งแต่วันที่ 1 เม.ย. 2544 – 31 มี.ค. 2547
ตอนนั้นเกษตรกรลูกค้า ธ.ก.ส. มี 2,263,083 คน มีหนี้สินรวม 75,031 ล้านบาท เฉลี่ยแล้วเกษตรกรแต่ละคนมีหนี้สินเฉลี่ย 65,000 บาท มีเกษตรกรเข้าโครงการพักชำระหนี้ 1,153,613 คน ลดภาระหนี้ได้ 1,109,470 คน ที่เหลือคือกลุ่มคนที่มีหนี้เกิน 1 แสนบาทไม่เข้าเกณฑ์ของโครงการ มองในระดับภาพรวม โครงการพักหนี้เกษตรกรคือมาตรการการคลังที่รัฐบาลรับภาระดอกเบี้ยจากธนาคารรัฐแทนเกษตรกร ผลลัพธ์ที่ได้คือเกษตรในโครงการใช้โอกาสนี้ไปปรับปรุงการผลิต ฟื้นฟูฐานะทางการเงิน และหาทางพัฒนาอาชีพได้อย่างยั่งยืน ซึ่งทั้งหมดนี้ส่งผลดีต่อการฟื้นตัวของเศรษฐกิจของประเทศโดยตรง
ภายใต้โครงการพักชำระหนี้และมาตรการทางเศรษฐกิจอื่นๆ ของพรรคไทยรักไทย การเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจของไทยซึ่งเคยอยู่ที่ 1.5% ในปี 2544 ก็ขยับขึ้นมาเป็น 5.4 % ในปี 2545 และพุ่งสูงขึ้นเป็น 6.7% ในปี 2546 หรือเท่ากับเป็นทิศทางการเจริญเติบโตทางเศรษฐกิจที่โตต่อเนื่องสามปีรวดซึ่งไม่มีแล้วในปัจจุบัน
โครงการพักชำระหนี้เป็นส่วนหนึ่งของนโยบาย Dual Track Policy ซึ่ง ดร.ทักษิณเห็นว่าการเติบโตของเศรษฐกิจรากหญ้ากับการเจริญเติบโตของประเทศเป็นเรื่องเดียวกัน คำขวัญของพรรคไทยรักไทยเรื่อง “ลดรายจ่าย เพื่มรายได้ ขยายโอกาส” สะท้อนปรัชญานี้ซึ่งที่สุดกลายเป็นนโยบายรัฐที่เป็นเอกภาพอย่างชัดเจน
บทเรียนจากโครงการพักชำระหนี้คือการขาดดุลทางการคลังเป็นเรื่องธรรมดา แต่เป้าหมายของการขาดดุลนั้นควรเป็นไปเพื่อประโยชน์ของคนส่วนใหญ่และประโยชน์ส่วนรวมของประเทศ ผู้บริหารนโยบายต้องทำให้การขาดดุลมีผลต่อความเติบโตทางเศรษฐกิจ ไม่ใช่ขาดดุลที่รัฐสูญเสียรายได้โดยประเทศไม่ได้อะไรกลับมา